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| 时间 | 奖励名称 | 等级 | 授奖部门 |
| 1981.6 | 国家发明奖 | 特等 | 国家科委 |
| 1985.10 | 创造与发明奖章（杰出发明家） | 金奖 | 世界知识产权组织 |
| 1987.11 | 科学奖 | 联合国教科文组织 | |
| 1988.3 | 农学与营养奖 | 英国Rank基金会 | |
| 1991.11 | 国家科技进步奖 | 三等 | 国家科委 |
| 1993.4 | 拯救世界饥饿（研究）荣誉奖 | 美国Feinstein基金会 | |
| 1994.12 | 何梁何利基金奖 | 何梁何利基金会 | |
| 1996.5 | 日经亚洲奖 | 日本经济新闻社 | |
| 1996.12 | 国家科技进步奖 | 三等 | 国家科委 |
| 1997.8 | 杂种优势利用杰出先驱科学家称号 | 作物遗传与杂种优势利用国际讨论会，墨西哥 | |
| 1998 | 湖南省科技进步奖 | 二等 | 湖南省科委 |
| 1998.11 | 越光国际水稻奖 | 日本越光国际水稻奖事务局 | |
| 2001.2 | 首届国家最高科技奖 | 国务院 | |
| 2001.8 | 拉蒙·麦格赛赛奖 | 菲律宾拉蒙·麦格赛赛基金会 | |
| 2004.5 | 沃尔夫奖 | 以色列沃尔夫基金会 | |
| 2004.9 | 金镰刀奖 | 泰国皇室 | |
| 2004.10 | 世界粮食奖 | 世界粮食奖基金会 | |
| 2005.11 | 杰出研究成就奖 | 亚太种子协会 | |
| 2008.3 | 影响世界华人终身成就奖 | 影响世界华人盛典 | |
| 2010.3 | 法兰西共和国最高农业成就勋章 | 指挥官级 | 法国政府 |
| 2010.10 | 新泻国际粮食奖 | 日本新泻国际粮食奖事务局 | |
| 2012.1 | 马哈蒂尔科学奖 | 马来西亚马哈蒂尔科学奖基金会 | |
| 2012.2 | 2011中华儿女年度人物 | 中华全国青年联合会、中华儿女报刊社、人民网、中国青年网、中国周刊杂志社 | |
| 2012.12 | 第四届中非友好贡献奖 | 中国非洲人民友好协会 | |
| 2012.12 | 十佳全国优秀科技工作者 | 中国科学技术协会 | |
| 2013.1 | 2012中非合作年度经济人物奖 | 中非工业合作发展论坛组委会 | |
| 2013.7 | 时代领袖 | 中国经济贸易促进会、时代领袖联合会·杂志社 | |
| 2013.1 | 第四届中国消除贫困奖成就奖 | 中国消除贫困奖组委会 | |
| 2013.12 | 国家科学技术进步奖 | 特等 | 国务院 |
| 2014.5 | 改革开放以来“中国种业十大功勋人物” | 农民日报社、中国种子协会 | |
| 2014.12 | CCTV2014年度科技创新人物 | 中央电视台、中国科学院 |
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